Bonjour maximoruben,
Je vous conseille de migrer à la version 2014 si votre système le permet. Si le problème persiste nous étudierons ce curieux cas de plus prêt.
Pour le détecteur de doublons, il vaut mieux ignorer tout ce qui concerne Windows et les fichiers 0ko, c'est plus sur, vous risquerez de supprimer des fichiers encore utiles.
Si vous réactivez le mode auto-pilot, tout est remis par défaut. Donc si vous repassez en mode manuel, les réglages que vous aviez fait avant de passer en mode auto-pilot auront été perdus.
Concernant l'anlayse des périphériques, il est possible que l'option d'insertion automatique ait été désactivée au niveau de Windows. Sinon, comme dit plus haut, passez à la version 2014 comme conseillé.
Vous pouvez supprimer les règles qui concernant Flash Player, bien que je ne vois l'intérêt surtout si vous avez choisir au niveau de l'installer de Flash de vous prévenir quand il y a une mise à jour. De toute façon ces règles se créeront de nouveau quand l'installer de Flash aura de nouveau besoin de se connecter.